Holmen har tidigare kallats Finnsö och Hästholmen. På ön har funnits krog och ett antal arbetarbostäder för superfosfatfabriken i Gäddviken. En modern storkvarn anlades på ön 1898 av Kvarnaktiebolaget Tre Kronor. Omkring 1910 växte Hästholmsvarvet på öns norra sida fram som ett av Sveriges ledande yachtvarv.
 

Bostadsområdet från 1930-talet med radhusen i förgrunden och smalhuset i bakgrunden. (Foto: Eric Ericsson, 1956)	Smalhuset. (Foto: Gunnar Sillén, 1970)	Stockholms Superfosfatfabrik i Gäddviken  bygger bostäder på dåvarande Hästholmen (nu Kvarnholmen). (Fotograf okänd)

Kvarnen köptes 1922 av Kooperativa Förbundet som var ute efter att bryta kvarnägarnas prisupprätthållande kartell och åstadkomma en teknisk och social mönsteranläggning. Året därpå förvärvade KF resten av ön. Nya fabriksbyggnader och siloanläggningar uppfördes. En bro byggdes till ön. Ett uppmärksammat bostadsområde uppfördes 1930 i funktionalistisk stil. Öns namn ändrades till Kvarnholmen.

Omkring 1990 beslutade KF att lägga ned industriverksamheten på Kvarnholmen.

Efter kvarnrörelsens nedläggning diskuterades åtskilliga återanvändningsideer såsom högskolecampus, kongresscenter m.m. Men så småningom fastnade man för att försöka skapa en levande stadsdel med rik blandning av bostäder, strövområden, skolor och verksamheter. Till de första att flytta in hörde Cybergymnasiet och Nacka akademiens IT-gymnasium (Nackademien).
(Foto: Karl Gabor, 2002)

Litt: Julin, William. Kvarnen Tre Kronor: En liten historik om holmen som aldrig blev färdig. I 
   Nackaboken 1970, s.85ff.
   Norenstedt, Connie. Bostadsbebyggelse på Kvarnholmen. I Nackaboken 1981, s.97ff.
  Swartling, Ingrid. Minnen från Hästholmen - Kvarnholmen. I Nackaboken 1981, s.81ff.